Imagerie microbienne | INSTITUT DE PHYSIQUE DU GLOBE DE PARIS

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Équipes de recherche

Géomicrobiologie

  Imagerie microbienne

Microimagerie en environnement minéralisé

 

stromatolites CLSM (E. Gérard, IPGP)

Rechercher des traces de vie microbienne actuelles ou fossiles dans les systèmes naturels et y explorer, à une échelle pertinente, la diversité génétique et métabolique, les sources d'énergie et les transformations biogéochimiques associées demeurent un défi analytique. Afin de conjointement caractériser les communautés microbiennes et leur environnement minéralisé, nous combinons des approches de biologie moléculaire (hybridation in situ fluorescente, immunodétection) avec un ensemble de techniques de spectroscopie et de microscopie de haute résolution: microscopie confocale couplée CLSM/Raman, microspectroscopie FTIR, microscopie électronique à balayage et à transmission, techniques de microscopie et de spectroscopie d'absorption issues du rayonnement synchrotron (SXRF, XAS, deep UV) et analyse in situ des isotopes stables par (nano)SIMS. 

 

serpentinite SEM (B. Ménez, IPGP; D. Brunelli)

Plusieurs méthodologies et protocoles de préparation d'échantillons adaptés à ces techniques ont été développés et optimisés par notre groupe. Ensemble, ils permettent de localiser spécifiquement des reliques de matière organique ou des cellules microbiennes individuelles et d'identifier leur affiliation phylogénétique à l'échelle micrométrique tout en caractérisant la nature et la structure des microhabitats et les interactions passées (i.e. dissolution des minéraux et produits métaboliques tels que les biominéralisations).

 

Ces dernières années, elles ont été implémentées de manière poussée sur des échantillons naturels et notre capacité à révéler la diversité génétique, métabolique, chimique et minéralogique  microéchelle dans la subsurface a permis des avancées majeures dans ce domaine (liste de nos publications).

 

Liens pour le grand public:

 

  • "Dans les roches, la vie" - Sciences & Avenir, septembre 2007