La plateforme de Géobiologie | INSTITUT DE PHYSIQUE DU GLOBE DE PARIS

Twitter

Aller au compte twitter

  La plateforme de Géobiologie

Laboratoire de géomicrobiologie expérimentale

Biocarbonates resulting from S. pasteurii metabolic activity SEM (B. Ménez, IPGP)

Ce laboratoire permet de mettre en oeuvre des techniques d'imagerie issues de la biologie moléculaire comme l'hybridation in situ fluorescente (FISH), de mener des cultures microbiennes et de réaliser des expériences de biominéralisation à l'aide de souches modèles. Une boite à gants permet des expérimentations en conditions anaérobies (O2≤1 ppm).

 

Laboratoire d'écologie microbienne

 

Équipements nécessaires pour mener des études de diversité microbienne sur des échantillons environnementaux et mettant notamment en oeuvre les techniques de Polymerase Chain Reaction (PCR), Denaturig Gel Gradient Electrophoresis (DGGE), et clonages. Des travaux pratiques sont organisés autour de ces techniques pour les Master de l'Université Paris Diderot/IPGP.

 

Plateforme de microimagerie

cellules de coli et Deinococcus FISH (E. Gérard, IPGP)

Un parc de microscopes (microscopie optique polariseur/analyseur, par épifluorescence et cathodoluminescence) permet de mettre en oeuvre aussi bien des techniques de biologie moléculaire comme le FISH que des caractérisations pétrologiques et minéralogiques dont l'étude des inclusions fluides (platines de microthermométrie, caméra à détection infrarouge adaptée aux minéraux opaques).

 

La plateforme s'est dotée d'un microscope confocal à balayage laser permettant une imagerie 3D en fluorescence (UV-visible) et en Raman. Ce couplage encore peu fréquent combine un microscope confocal Olympus FV1000 avec un spectromètre Renishaw InVia équipé du module d'imagerie StreamLine Plus. Il permet d'identifier simultanément sur une même préparation les microorganismes en présence tout en caractérisant les phases minérales associées.

 

stromatolites CLSM (E. Gérard, IPGP)

Dans le cadre de la plateforme PARI, les équipes ont également la charge d'un microimageur ultrarapide de spectroscopie infrarouge à transformé de Fourier (FTIR; Thermo Scientific Nicolet iN10 MX). Elle développe également la technique de microdissection laser (Zeiss PALM MicroBeam), en l’adaptant à la caractérisation des écosystèmes de subsurface. Ces environnements sont extrêmement sensibles à la contamination ou très minéralisés (i.e., encroûtement des cellules), ce qui nécessite le développement de protocoles adaptés et la mise en œuvre de l’instrument dans une enceinte stérile. Guidée par la technique de FISH qui permet de visualiser spécifiquement des cellules microbiennes, la microdissection laser permet d’isoler mécaniquement des cellules individuelles ou des microcolonies d’intérêt afin de séquencer spécifiquement leur génome ou de les remettre en culture et ceci pour caractériser leur nature, leurs métabolismes et mieux comprendre leur rôle dans l’environnement.